▣ PHYZEN chromosome variant heatmap (CVH) ▣


 
Left menu (샘플 설정 관련)
A. Reference 유전체 서열
다른 유전체에 대한 주문건의 heatmap을 확인하고 싶을 때 스크롤하여 선택합니다.
유전체 서열명은 결과보고서의 파일명을 확인하시기 바랍니다.
B. 샘플 검색
선택된 주문번호(C) 내에서 샘플을 검색합니다.
C. 주문번호
동일한 유전체를 사용한 분석의 주문번호가 표시됩니다.
D. 샘플 선택
선택된 주문번호의 분석된 샘플만 표시됩니다.
E. 샘플 추가
Heatmap에 추가할 샘플을 클릭하여 해당 버튼을 누르면 선택된 샘플 리스트에 추가됩니다.
F. 선택된 샘플 리스트
리스트업 된 샘플들이 Heatmap 분석에 사용됩니다.
G. 샘플 삭제
삭제할 샘플 클릭하여 샘플을 삭제합니다.
H. 샘플 초기화
선택된 샘플 리스트가 초기화됩니다.
Heatmap menu (heatmap 설정 관련)
I. Chromosome
All Chromosome 혹은 개별 Chromosome을 선택할 수 있습니다.
J. Start position
변이를 탐색할 영역의 시작 위치를 변경할 수 있습니다. All Chromosome의 경우 고정되어 변경이 불가합니다.
K. End position
변이를 탐색할 영역의 마지막 위치를 변경할 수 있습니다. All Chromosome의 경우 고정되어 변경이 불가합니다.
L. Window size
변이 탐색에 사용할 window size를 변경할 수 있으며, 허용 가능한 window 개수는 최대 500개 입니다. All Chromosome의 경우 고정되어 변경이 불가합니다.
M. 이미지 생성
변경한 옵션으로 새로운 이미지를 생성합니다.
N. Color key
Heatmap data color, Coloum meta color, Max-Middle-Min percentile value, Cell Value를 조절할 수 있습니다.
- Heatmap data colors : heatmap 색상 변경
- Colum metadata colors: column meta(window) 색상 변경
- Max-Middle-Min percentile value : 색상의 gradient 지점 변경
- Cell Value: window 내 변이수를 표시(Show) 혹은 숨김(Hide)
O. 이미지 저장
카메라 아이콘을 클릭하여 이미지를 저장합니다.
P. Dendrogram
가지. (branch)를 선택하고 돋보기 아이콘을 클릭하면 동일 계통(clade)의 샘플들로만 구성된 이미지로 변경됩니다.
Q. Heatmap
Heatmap 위로 마우스 오버시 window 정보와 변이 수가 표시됩니다.